Về cái chết của Hồng Bảo, sách Bản triều bạn nghịch liệt truyện cho biết ông đã chọn cách uống thuốc độc (tam ban triều điển). Trong sách Việt Nam sử lược chỉ ghi đơn giản là Hồng Bảo chết vì uống thuốc độc. Tuy nhiên, có một số tác giả khác lại cho rằng Hồng Bảo chết do thắt cổ.

Nhưng, một nghi vấn được đặt ra: chính Hồng Bảo tự thắt cổ hay ai đó đã thắt cổ ông? Giáo sư Bửu Cầm cho đó là "một cái chết khả nghi. Người ta không tin là tội nhân tự tử mà là bị giết" [16]. Còn tác giả Nguyễn Quang thì quả quyết rằng chính Trương Đăng Quế đã ra lệnh giết, hoặc vua Tự Đức nghe lời của ông mà giết anh [17].

Đề cập đến vấn đề do Trương Đăng Quế chủ mưu, trong thư đề ngày 15 tháng 1 năm 1852, giáo sĩ Galy viết: Trương Đăng Quế đã mưu mô thay bậc đổi ngôi để Hồng Bảo phải sống trong nghịch cảnh rồi làm liều đi đến chỗ thảm hại. Ông Quế đã đặt cạm bẫy cho Hồng Bảo rơi vào hầu có cớ thủ tiêu ông...[18].

Rút lại vụ việc Hồng Bảo, trong một bài viết, nhà sử học Đỗ Bang cũng đã nêu ra mấy ý như sau:

• Hồng Bảo đáng lẽ phải được lên ngôi, nhưng bị Trương Đăng Quế và một số cận thần đổi chiếu rồi bôi bác cho Hồng Bảo là con dòng thứ, hay chơi bời phóng đãng...[19].
• Hồng Bảo vừa là học trò vừa là bạn của Tương An Quận Vương [20]. Tương An và Tùng Thiện vương đều là chú ruột của vua Tự Đức, qua sự kiện này, cả hai cũng rã rời theo chiều phân cực trong nội bộ hoàng tộc.
• Từ trong nội cung tung ra nhiều chuyện mỉa mai nhằm bôi nhọ Tự Đức: cho Tự Đức là con của Trương Đăng Quế. Vợ Quế đem con (tức Tự Đức) vào cung rồi đánh tráo con của Thiệu Trị hoặc Trương Đăng Quế tư thông với bà Từ Dụ mới sinh ra Tự Đức...[21]

Trong bài Minh oan Hồng Bảo và Đoàn Trưng (đã dẫn bên dưới), tác giả Nguyễn Quang viết:

Tương An quận vương là một thi hào, là chú và là thầy học của Hồng Bảo, Hồng Nhậm. Sở dĩ ngài Tương An thương mến Hồng Bảo hơn là vì ông này học giỏi. Nói một cách khác, thầy học không bao giờ lại mến thương người học trò ngu độn và ham chơi.

Giáo sư Nguyễn Khuê giải thích thêm:

Thật vậy, Tương An là người tài đức, rất thận trọng trong việc giao du. Nếu quả An Phong Công (Hồng Bảo) đúng như nhận xét của vua Thiệu Trị thì không thể nào là tri kỷ của vương được. Những bài thơ của Tương An ghi lại những kỷ niệm giữa vương với An Phong Công vô tình trở thành những bằng cớ cho phép chúng ta hoài nghi về tư cách của Hồng Bảo đã được chép trong chính sử... Lại nữa, trách Hồng Bảo ham vui chơi có lẽ không đúng, duy có một điều là Hồng Bảo giao du rộng rãi. Ông thân thiện với các nhà buôn ngoại quốc. Vì cớ ấy, một nhóm triều thần bài ngoại sợ ông về sau lên ngôi lại nhiễm văn minh Tây phương, nên lấy làm hiềm nghi và không muốn cho ông kế vị...

Và giáo sư cũng đã dẫn chứng về tài văn, tài võ của Hồng Bảo như sau:

Xuân nhật phòng...[22]đắc thi nhất thủ.Dịch:(Ngày xuân đến thăm... được một bài thơ)Chầu về chẳng kể bóng chiều tàn,Thả bộ đến nhà để hỏi han.Nhớ buổi Bắc tuần theo hộ giá,Đêm khuya chong đuốc luận thơ văn.Hoàng nhị tử...thư trai nguyên tịch hội ẩmDịch:(Rằm tháng giêng hội ẩm tại phòng sách của hoàng tử thứ hai [23])....Trăng thanh, tiết đẹp năm ba bận,Rượu đượm, thơ xuân một ít bàiTuổi trẻ tài năng lòng những mến,Cung thần một phát hẳn không sai...[9].